Τον τελευταίο καιρό, νοσηλευόταν στο νοσοκομείο με κορονοϊό ωστόσο δεν τα κατάφερε και άφησε την τελευταία του πνοή το πρωί της Κυριακής (29/03).
Ο Μανώλης Μαλέλης ήταν στενός συνεργάτης του Δημήτρη Κοντομηνά και διετέλεσε πρόεδρος και μέλος του διοικητικού συμβουλίου του τηλεοπτικού σταθμού Alpha.
Την είδηση του θανάτου γνωστοποίησε μέσω του twitter ο δημοσιογράφος Δήμος Βερύκιος ο οποίος αποχαιρέτησε τον Μανώλη Μαλέλη αναφέροντας ότι ήταν το 33ο θύμα του φονικού ιού.